Tạm yên mặt bắc nhưng Nguyễn Nhạc ở vào tình thế chỉ có một lựa chọn là phải thắng trận để chiếm lại Phú Yên từ tay quân Nguyễn, nếu không sẽ bị quân Trịnh đánh chụp.

Trong tình thế các tướng đều thua trận bạc nhược, Nguyễn Nhạc quyết định cử em là Nguyễn Huệ, mới 23 tuổi, người sau này trở thành nhà quân sự kiệt xuất của Tây Sơn, làm chủ tướng mang quân vào nam. Để hỗ trợ cho Nguyễn Huệ, nhân nắm con bài Nguyễn Phúc Dương trong tay, Nguyễn Nhạc gả con gái cho Dương,[7] rồi sai người vào Phú Yên điều đình với Tống Phúc Hiệp việc lập Phúc Dương làm chúa và cùng đánh Trịnh. Việc đàm phán đến nửa chừng thì Nguyễn Huệ kéo quân tới đánh khiến Hiệp không kịp trở tay. Nguyễn Huệ bắt sống Nguyễn Khoa Kiên, giết Nguyễn Văn Hiền, Hiệp bỏ chạy. Tướng Nguyễn ở Bình Khang là Bùi Công Kế mang quân ra cứu bị Nguyễn Huệ bắt sống. Tướng khác là Tống Văn Khôi ở Khánh Hoà ra đánh cũng bị Nguyễn Huệ giết tại trận. Nguyễn Huệ giao việc phòng thủ cho Nguyễn Văn Hưng và Lê Văn Lộc rồi kéo đạo binh người Thượng trở về Quy Nhơn.

Năm 1775, Hoàng Ngũ Phúc nhân lúc Tây Sơn mang quân vào nam liền lấn tới đóng quân ở Chu Ổ thuộc Quảng Ngãi, nhưng sau nghe tin Nguyễn Huệ thắng trận không dám tiến nữa. Để tăng thêm thanh thế, Nguyễn Nhạc yêu cầu quận Việp phong chức cho em và Nguyễn Huệ được phong làm "Tây Sơn hiệu tiền tướng quân". Ít lâu sau vì tuổi già sức yếu, quận Việp bỏ Quảng Nam lui về Phú Xuân rồi giao lại thành này cho các tướng dưới quyền, còn mình dẫn đại quân về bắc, sau bệnh chết dọc đường.

Nhân lúc quân Trịnh rút khỏi Quảng Nam, hai cựu thần của nhà Nguyễn là Tôn Thất Quyền và Tôn Thất Xuân nổi dậy chống Tây Sơn, đánh lấy phủ Thăng Bình và phủ Ðiện Bàn. Nguyễn Nhạc lại liền sai Ðặng Xuân Phong đi đánh dẹp. Không phải dùng nhiều công sức, Ðặng Xuân Phong mới xáp chiến trận đầu là lấy ngay được Thăng Bình rồi Ðiện Bàn. Tôn Thất Quyền và Tôn Thất Xuân đều tử trận.

Quảng Nam được dẹp yên, Tây Sơn Vương gọi Nguyễn Văn Xuân ở Quảng Nghĩa về Qui Nhơn cử Ðặng Xuân Phong thay thế, và cử nguyễn Văn Tuyết ra trấn thủ Quảng Nam, cùng họ Ðặng làm răng môi giữ gìn mặt Bắc. Bắc Nam được yên ổn, Tây Sơn Vương đổi thành Minh Ðức Vương và cho sửa lại thành Quy Nhơn.